Многие отключают кукисы сами, а у кого-то их блокирует IE.

У меня стоит задача хранить выбранный язык. Вот не знаю где лучше хранить в Coockies или Session.

в куки лучше

А почему лучше не подскажите?
Спасибо!

Потому что выбор языка скорее всего будет постоянным в какой-то мере и при следующем посещении было бы приятнее чтобы у тебя сразу был выбран тот же язык.
А так если ты закрыл окно браузера(или просто некоторое время активность не проявлял) то у тебя "сброситься" язык(т.к. загаснет Session)