Да в сущности те же самые проблемы, что Вы описали, только ещё и при разработке. Проблема с целостностью, ну например один разработчик временно удалил foreign key, а другой тестировал table update. Дело в том, что когда пользователи будут работать с одной БД, то при возникновении конфликтных ситуаций из-за блокировок или из-за одновременного доступа, правильно реализованная БД предложит подождать или отложить операцию, а для разработчика это будет конфликт, который проще всего разрешить, предоставив каждому свой экземпляр БД.
А когда разработчик вносит новый migrate script, он также заботиться о предоставлении migrate script'а на данные.